Самая крупная религиозная община Барнаула – это православная. В 1750 в городе был возведен первый православный храм Петра и Павла. Но уже к XX веку в Барнауле действовало более 40 церквей, монастырей, часовен. Жаль, что, практически, все они были разрушены в 30-е годы – годы гонений на церковь.
Главным собором города является Покровский Собор. После закрытия, он довольно быстро возобновил свою деятельность, которая началась в 1943. А с 1990-х началась массовая реконструкция церквей Барнаула. Были возобновлены службы в таких церквях, как Дмитриевской, Никольской, Знаменской.
Также в Барнауле построили новые храмы: Вознесения Христова, Петра и Павла, Иоанна Богослова, Андрея Первозванного, Тихвинской Божьей Матери, Архангела Михаила, Александра Невского. Помимо православных храмов, в Барнауле есть старообрядческие объединения. Это Покровская старообрядческая церковь. Храм выстроен во владимиро-суздальском стиле.
Также в Барнауле возобновили свою деятельность лютеранские и католические общины, которые имеют свои молельные дома. Большое влияние в Барнауле имеет община мусульман. К ней относится, порядка, 10 тысяч человек. Богослужения совершаются в Соборной мечети.