Основана крепость была в 1709 году. Город Бийск входит в состав шести городов, которые решено было построить согласно Именного Указа Петра Великого. Новая крепость должна была стать надежной защитой для торговли, проходящей по путям из Китая и Монголии, а также охранной крепостью юго-восточных границ, строящейся империи Российской. Однако уже на следующий год она была сожжена и разграблена воинственными джунгарами – кочевниками этих мест. Но, по велению царя, крепость вновь была отстроена в 1718 году, правда, на другом месте. Было решено поставить новое укрепления в 20 км от прежнего, выше по течению полноводной Бии. Название Бикатунский острог решено было изменить на Бийский, что произошло в 1732 году.