В начале XVIII века начинается период реформаторства Петра Первого. В числе прочих, первый русский император проводит губернскую реформу – Чебоксары входят в новоучрежденную Казанскую губернию. В это время в городе проживает уже около двух тысяч мужчин. Нынешняя столица Чувашии приобретает вес среди русских городов как торговый и ремесленный центр.
С 1740 года начинается массовое насильственное крещение чувашей, которые до этого в большинстве своем были мусульманами. В городе построено более 20 церквей, из них около 10 – каменные. Чувашский народ недоволен христианизацией, а также крепостническим укладом тогдашней России. Среди крестьян зреет бунтарский дух, они активно участвуют в народных волнениях, в том числе – крестьянской войне Пугачева 1773-75 года.
На протяжении всего XVIII века в Чебоксарах бушуют пожары, особенно сильно стихия повредила город в 1773 году – тогда сгорело почти две трети городских построек. С этого момента начинается постепенное угасание города. Теряет он и свое торговое значение, в связи с ослаблением торговли по Волге – ее теперь заменяют другие торговые пути.
С 1781 года Чебоксары – провинциальный город Казанской губернии.