В 1925 году Чувашия получает автономию в составе РСФСР, Чебоксары становятся столицей нового административного образования. С этих пор город начинает активно развиваться как промышленный центр. Строятся новые заводы и фабрики, идет работа по созданию совхозов. Открываются школы, медучреждения, музеи, театры. В 1930 были основаны педагогический и гуманитарный, в 1931 – сельскохозяйственный институты.
В период ВОВ в городе формировались боевые отряды, покрывшие себя неувядаемой славой на полях сражений. В честь 324-й и 139-й стрелковых дивизий названы улицы города. В ноябре 1941 года Чебоксары подвергались бомбардировке фашистами. В город были эвакуированы важнейшие стратегические предприятия СССР – заводы по производству электроаппаратуры из Москвы и Харькова. Именно с них началась индустриальная история Чебоксар.
В 1967 году был открыт Чувашский государственный университет.
В 1987 году произошло событие, имеющее большое значение для экономики и промышленности города, но, к сожалению, отрицательно сказавшееся на его архитектурном облике и историческом достоянии – был создан искусственный залив для Чебоксарской ГЭС, который затопил историческую часть города. Уникальные постройки старины бесследно исчезли под водой.