В начале XVII века на всей территории России начинается сложный период, именуемый «Смутным временем». В эти годы Россия остается фактически без централизованной власти, идет активная борьба за трон, которая требует множества ресурсов – как материальных, так и человеческих.
Народное недовольство усилил неурожай 1601-1603 года, который, в результате неумелых действий властей, перерос в тотальный голод. На территорию России вторгаются интервенты – литовцы, поляки, шведы, крымские татары. В результате, народные волнения перерастают в крестьянскую войну 1603-1610 года, в которой активно учувствуют чуваши, недовольные попытками насильственного насаждения православия и законодательным введением крепостничества. Восстание было подавлено, но народные волнения в Чувашии не прекращались на протяжении XVII века. Чувашские крестьяне активно помогают Степану Разину в 1670-х годах.
Меж тем, Чебоксары в это время активно развиваются как крупный военный и торговый центр Поволжья и востока России. В городе строятся православные церкви, со второй половины века – каменные. На всю Россию славятся колокола, производимые тут. В 1646 году в Чебоксарах проживает более полутора тысяч человек, из них около пятисот – военнослужащие.