В 1480 году русские княжества освободились от Золотоордынского ига. Московское царство обрело долгожданную самостоятельность и стало развиваться вширь. Одно из государств, которое также отделилось от Золотой Орды – Казанское ханство. Под властью Казани в то время находилась и современная Чувашия.
В начале XVI века чуваши как народ впервые упоминаются в русских письменных источниках. 1546 году было составлено знаменитое «прошение к государству российскому», в котором чуваши и горцы-марийцы просят русского царя помочь им освободиться из-под власти Казанского хана. Существовало ли это «прошение» на самом деле, или это всего лишь искусно сфабрикованный документ – неизвестно. Так или иначе, ужена следующий год Чувашия была занята русскими войсками, и, фактически стала зависимой от Москвы территорией.
В середине XVI века походы русских на Казань не прекращаются. С приходом к власти Ивана Грозного, Чувашия официально входит в состав России, приобретая административный статус Чебоксарского уезда, а в 1552 году Иван IV уничтожает Казанское ханство.
В конце XVI века Чебоксары становятся важным военным пунктом на восточных рубежах России. Город обрастает крепостной стеной, каменными укреплениями и собственным кремлем. В Чебоксарах строятся православные церкви и монастыри.