Некогда Чебоксары были большим религиозным центром. Город блестел на солнце куполами более чем двадцати церквей, по праздникам разносился колокольный звон множества звонниц, верующие со всей России стекались в Чебоксары для паломничества. Однако до нашего времени осталось не так уж много религиозных памятников старых времен. Церковь Михаила Архангела – один из них.
Здание храма некогда входило в единый архитектурный комплекс Чебоксарского Кремля, вместе с другими церквями. Но сейчас от первоначального замысла зодчих остался, кроме самой Михайло-архангельской церкви, только Введенский кафедральный собор.
Храм был заложен в конце семнадцатого века, в 1702 году был завершен главный придел, посвященный Архангелу Михаилу. Чуть позже храм был оснащен вторым приделом - Рождества Богородицы, но он был разрушен во время непрофессиональных реставрационных работ в начале XX века. В то же время храм был закрыт и превращен в книгохранилище – благодаря уникальной атмосфере в стенах церкви были сохранены многие ценные старинные манускрипты.
В 1993 году в церкви Архангела Михаила возобновились службы, он был передан в ведение Чебоксарского Епархиального духовного училища.