История Елабуги прослеживается по архивным материалам с XVI века. Именно в это время около реки Тоймы построили Троицкий мужской монастырь. Иоанн Зеленый был его первым настоятелем. До XVIII века просуществовал Троицкий монастырь. Около монастыря образовалась слободка, получившая название Подмонастырка.
Поодаль стояло село Трехсвятское, своё название оно получило от иконы трёх святых – Иоанна Златоуста, Григория Богослова, Василия Великого; по легенде в село икону привёз Иван Грозный.
Судя по документам, село Трехсвятское располагалось на урочище, которое именовали Елабугой. А путешественник Рычков писал, что Трехсвятское являлось вотчиной царя. Деревянной стеной и рвом было укреплено село, а в центре стояло другое укрепление. Это был замок-кремль, в нём располагались дом управителя, канцелярия, соборная церковь. Башнями была усилена вся крепость, у каждой из которых внизу были ворота с запорами, на самом верху стояли чиновники и стражи. Башни имели названия дорог – Спасская, Луговая, Никольская, Сарапульская, Казанская. В их стенах были бойницы для ружей. В самой крепости для обороны хранили ружья, копья, пушки.
Село было популярно благодаря искусным ремесленникам и рыбной ловле. Здесь производили предметы быта из железа, бересты, глины, дерева, изготавливали лыковую и кожаную обувь, выделывали кожи, создавали ткани домашней выработки.