В 1990 году был создан в Елабуге государственный художественный и историко-архитектурный музей-заповедник на основании постановления РСФСР. В 1995 году музей-заповедник признали объектом культурного и исторического наследия общероссийского значения. Площадь охраняемой зоны составляет 491 гектаров. Сегодня на территории музея-заповедника находятся 184 исторических объекта и памятника культурного наследия, из них 72 – местного направления, 106 – республиканского направления, 6 – федерального направления.
Главная задача Елабужского музея-заповедника – сохранение духовного и материального историко- культурного наследия. В структуру государственной организации входит отдел по использованию, реставрации, учёту, охране памятников культуры и истории. Также отдел ведёт работу по созданию мониторинга памятников культуры и истории, активно сотрудничает с владельцами памятников, оформляет паспорта объектов, акты технического состояния, охранных обязательств.
Ключевое направление деятельности заповедника – развитие музеев. В его состав входят:
- -музей Шишкина,
- -музей уездной медицины Бехтерева,
- -усадьба Дуровой,
- -дом памяти Цветаевой,
- -музей прачечного дела «Портомойня».
Также к государственному музею относятся художественный салон, художественная галерея Шишкина, выставочный зал, музей-театр «Трактир», интерактивные мастерские, исторический музей.
Акцент в работе музея-заповедника приходится на популяризацию исторического и культурного наследия города среди подрастающего поколения. Второй важный момент в работе музея – развитие туризма в Елабуге и Елабужском районе. Перспективными направлениями в туризме являются спортивно-оздоровительное, паломническое, экологическое, сельское, этническое направления.