Российским императором Николаем 1 в 1845 году было решено засадить лесом калмыцкую степь. Лесным департаментом были сделаны первые посадки в балке Элиста и на юге Ергеней в 1853 году . Для увеличения площади лесных насаждений была нужна дополнительная рабочая сила, и именно поэтому Лесной департамент попросил Министерство государственного имущества о создании селения Элистинской лесной плантации. Научная экспедиция под названием Кумо-Маныческая и под наставлением учёного Костенкова обозначила 15 мест в 1859–1861 годы для формирования поселений между станцией Крестовской и Астраханью, что расположены вдоль Крымского тракта, включая и балку Элиста.
В балке Элиста до учреждения первого поселения свои стоянки устраивали калмыки, которые кочевали по Манычу. Сами калмыки нарекали это место «Эльста», что означало «песчаный», так как весь северный левый склон балки являл собой рыхлые пески. Закрепилось это имя и за появившимся здесь селом. Зачинателем Элисты слывет Степан Прокопьевич Кийков, который был крепостным крестьянином, соорудивший весной 1862 года по рекомендации калмыка Болы первую землянку в балке Элиста-Сала. В Элисте к осени 1865 года насчитывалось 15 дворов. Именно этот год считают годом начала основания города. Большую популярность Элисте принесли ярмарки скота, которые были крупнейшими в калмыцкой степи.
В 1907 году Элиста стала центром в Манычском улусе Астраханской губернии. Построили здание улусного управления, больницу, школу-интернат. В 1912 году подвели телеграфную линию от села Ремонтного.