Элиста в ходе ВОВ была оккупирована 12 августа 1942 года немецкими войсками. Во время оккупации в городе действовало советское подполье, в округах города насчитывалось два партизанских отряда. Возле города в балке Гашун в это время оккупационными властями велся расстрел партизан и мирных жителей. В один из дней 1942 года в сентябре месяце в Элисте расстреляли 600 евреев, живших в городе. Благодаря Красной Армии город был освобожден 31 декабря 1942 года. Правда, отступавшие немецкие войска практически полностью сожгли город.
Калмыцкий народ, как и многие народы Кавказа, силой был депортирован в Сибирь, Дальний Восток, Северный Казахстан в конце 1943 года. Была упразднена Калмыцкая АССР с 1944 по 1957 год, Элисту переименовали в город Степной и он стал центром Степновского района, входивший сначала в Астраханскую область, а после – в Ставропольский край. Следом за ликвидацией Калмыцкой АССР и вывоза калмыков город почти не восстанавливался и находился в руинах. Поэтому оставшимся жителям приходилось ютиться основным образом в пригороде, в так называемом селе. Дом Советов (сейчас главный корпус КГУ) простоял 13 лет в разрушенном состоянии. Действовали в черте города мельница, малый молочный завод, колхоз им. Сталина.
Оживленное восстановление города было начато только в 1957 году, после того как культ Сталина был развенчан. Приняли решения о восстановлении калмыцкой автономии. Открыли ЖД вокзал 6 ноября 1969 году, была открыта и ЖД ветка, идущая к станции Дивное. Начали работу заводы железобетонных конструкций, силикатного кирпича, крупнопанельное домостроительство, заводы керамзитовые.