За стенами городов возникали многочисленные слободы: Штайндамм, Россгартен, Трагхайм и Закхайм, чуть позже Бург-община, Нейе Зорге, Фордере-штадт, Хаберберг. В XV веке статус замка Кенигсберг повышается с переездом сюда в 1457 года гроссмейстеров Тевтонского ордена. В1511 г. орденское государство превращается в светское - наследственное Прусское герцогство, вассально зависимое от Польского короля. После смерти прусского герцога Альбрехта Фридриха в 1618 г., не оставившего наследников, власть переходит к Иоанну Сигизмунд, ставшему позднее основателем бранденбургско-прусского государства (столица Берлин).
В 1540 г. открыта общественная библиотека, в 1542 г. заложен университет – будущая «Альбертина» (открыт в 1542 г.). До тридцатилетней войны (1618-1648) в Кенигсберге интенсивно развивалась торговля.
В 1625 г. город был захвачен шведами, после Пиллау, Мемеля и Эльбинга, оккупация которых отрезала для кенигсбергцев выход к морю. Впрочем, шведская интервенция способствовала созданию вальных укреплений и бастионов, защищающих город. В 1621 г. в результате сильного наводнения был полностью затоплен Кнайпхоф. В сер. XVII в. в ходе очередного «шведского потопа» Кенигсберг был юридически освобожден от польской зависимости.