Версий возникновения этого явно неславянского топонима в современной науке существует довольно много.
Многие ученые находят прямую взаимосвязь названия населенного пункта Кимры с древним племенем кимерийцев. Однако, эта версия часто ставится под сомнение, ведь, как известно, местом проживания древних кимерийцев было Северное Причерноморье, а о дальнейшем перемещении, впрочем как и о моменте исчезновения этого народа с исторической карты, толком ничего не известно.
Более вероятной является теория возникновения названия Кимры с проживавшим в этих краях в дославянскую эпоху угро-финским племенем меря, которое повлияло на возникновение названий многих озер, рек и городов (Волга, Нерль, Шексна).
Немало есть приверженцев балтийской теории, согласно которой название Кимры ведет свое начало от Эстонского Киремпе (в переводе «Медвежьяглава») и реки Киремы, впадающей в Волгу. Подобные напоминания о балтийских истоках топонимов встречаются и в других местах Верхневолжья – Верее, Шоше и т.д.
Помимо этих, наиболее правдоподобных, версий существует еще ряд иных. Однако, доказать достоверность ни одной из них историкам пока не удалось.