В начале 17 столетия город постоянно переходил из рук в руки. После изгнания в 1612 году интервентов Кострома становится настоящим центром событий, важных для всей Руси. В 1613 году в Кострому прибыла делегация, которая должна была известить Михаила Романова, находившегося в Ипатьевском монастыре, о его избрании на трон.
В период с 1614 до 1650 год количество дворов в городе выросло с 312 до 2086, что говорит о росте города. В начале 17 столетия сложился торговый центр Костромы. Уже к 1734 году было 739 мест для мучных, соляных, мясных, иконных, шубных и других торговых рядов.
Уже к середине 17 столетия Кострома становится третьим по экономическому значению городом в Московской Руси. В это время купцы города торговали с Западом и Востоком, а наиболее известными местными промыслами был кожевенный, полотняный и мыловаренный. Кроме того, в Костроме активно развивались изобразительные искусства. К примеру, в Ипатьевском монастыре была иконописная школа. Славились также костромские ювелиры.
В 1773 году пожар сильно повредил город, все деревянные строения в старой части города сгорели, сохранились только здания из камня. Позже город был перестроен и восстановлен.