В этот период вокруг Костромы появляются укрепленные монастыри – Николо-Бабаевский и Ипатьевский, задачей которых является защита подступов к городу.
60-70 гг. 13 столетия вошли в историю благодаря массовым выступлениям русских людей против татаро-монгольского ига. В 1272 году жители Костромы победили отряд татарских сборщиков дани возле озера, которое сегодня называется Некрасовским.
Вторая половина 14 века была особо важной для города, так как именно в это время Кострома с Костромским княжеством стали частью Русского централизованного государства. Уже в 1380 году в битве на Куликовом поле вместе с Дмитрием Донским боролись воины из Костромы, которыми командовал воевода Иван Родионович Квашня.
Кострома была хорошо укреплена, поэтому в 14-15 веке она неоднократно выполняла роль убежища для семьи великого князя московского. В 1382 году, когда на Москву наступал хан Тохтамыш, за стенами Костромы скрывался Дмитрий Донском вместе с семьей. В 1408 году сын князя Василий Дмитриевич находился в этом городе во время вторжения хана Едигея на русские земли.