В августе 1942 г. столица Кубани была оккупирована фашистами. Шесть долгих месяцев длилась оккупация. За это время были разрушены жилые дома, заводы, школы, больницы, театры, жизнеобеспечивающие сооружения (электростанция, водопровод, железнодорожный вокзал, трамвайные парки). Более 13 тыс. коренных жителей было расстреляно, отравлено газом, повешено, замучено голодом и пытками. И, наконец, в феврале 1943 г. под упорным натиском солдат Красной Армии Краснодар был освобожден от фашистских захватчиков. По многочисленным просьбам общественности в городе стали проходить первые в истории открытые судебные процессы над немецкими оккупантами.
В период с 1943 по 1945 г.г., несмотря на постоянные вражеские бомбардировки, а также нехватку квалифицированных кадров, электроэнергии, строительных материалов, в городе не прекращались восстановительные работы. К 1944 г. было восстановлено и бесперебойно работало более ста промышленных предприятий и артелей, производившие необходимую продукцию для фронта. А в 1945 г. Краснодар считался крупнейшим поставщиком озимой пшеницы в СССР.