В период перестройки, распада СССР, промышленность Махачкалы, ориентированная на заказы со стороны военно-промышленного комплекса, оказалась в тяжелейших условиях. Программы конверсии не смогли реализовать.
В 90-е годы настала длительная фаза снижения мощностей производства. Например, завод «Стекловолокно», обеспечивающий работой 3800 человек в 1990 годы, в этот период стал обеспечивать только 500. Приборостроительный завод, «Эльтав», Радиозавод, фабрики им. 3-го Интернационала и Крупской, а также рыбоконсервный комбинат были целиком выведены из эксплуатации и ликвидированы, а их территория была распродана. То же самое наблюдалось и со многими другими предприятиями.
В конце 90-х годов Махачкала становится мишенью радикальных исламских организаций и ваххабитов. На улицах города были замечены наёмники Дудаева, разъезжающие на лошадях и призывающие людей присоединиться к ваххабитскому движению и даже объявить России джихад.
В 1998 году на пост главы администрации города Махачкалы назначили Саида Амирова и ситуация постепенно стала улучшаться. Начало нового века обозначено заметными положительными изменениями в системе производства и увеличении промышленного потенциала города.