В советское время, до постройки собора во имя равноапостольного князя Владимира, в городе Новочебоксарске собственной церкви не было. Верующие вынуждены были посещать один из храмов Чебоксар, за пять километров от города. Альтернативой служил небольшой молитвенный дом, созданный в обычном жилом доме постройки начала XX века на окраине Новочебоксарска. Силами местной общины здание было отремонтировано, снабжено небольшим куполом, увенчанным крестом, создано скромное внутреннее убранство с престолом в честь святителя Николая.
В начале 2000-х годов рядом с молитвенным домом было решено выстроить новую церковь, соответствующую всем канонам русского православного зодчества. В июле 2009 года был заложен первый камень в фундамент здания, начались строительные работы. Место постройки было освящено настоятелем свято-Владимирского собора.
Храм имеет нижний придел – Пантелеймона-целителя. Он уже завершен, сейчас в нем проводятся службы. Главный, верхний придел Чудотворца Николая также вскоре будет завершен. Церковь будет выполнена в эклектичном стиле, с пятью разноцветными конусовидными башнями, увенчанными золотыми маковками. Здание обещает стать настоящим украшением архитектурного убранства Новочебоксарска.