Еще одним основным направлением в развитии экономики Новороссийска является морская торговля. Уже в 1846 году этот город посетили 17 иностранных и 102 российских судна. На тот момент Новороссийск экспортировал сахар, табак, рыбу, мед, пшеницу, рожь. С этого времени город начинает активно расти и развиваться, но пока не имеет авторитета на российской арене.
Все резко меняется в 1888 году, когда начинают строительство железной дороги с маршрутом Тихорецкая-Новороссийск. Представители Владикавказской железной дороги берутся за строительство порта, планируя окончить работы к завершению железной дороги. В порту быстро возвели 5 деревянных пристаней, что позволяло грузить сразу 4 парохода. Позднее сюда подвели железную дорогу и пристроили еще пять пристаней.
Главным предметом экспорта являлось зерно, грузы шли с Кубани, Ставрополя, Поволжья, Дона. Порт уже не мог справиться с грузовым потоком. Поэтому были построены металлические, деревянные и каменные амбары для хранения товара. В 1894 году в порту был сооружен элеватор на 45 тысяч тонн, что позволяло быстро грузить зерно. А для нефтяных продуктов построили 3 нефтепровода и 23 резервуара. На восточной стороне проложили набережную, которая протянулась на 844 метра, отсюда отправляли цемент.
Таким образом, порт в Новороссийске на рубеже двух веков становится крупным торговым центром на территории Северного Кавказа. В 1920 году в ведомстве порта находятся морские агентства в Архипо-Осиповке, Джубге, Геленджике, Анапе, все морские службы и сооружения, судостроительная верфь, эллинг, док, механические мастерские.
К 1940 году морской порт Новороссийска состоял из Восточной набережной, каботажного участка, цементного и импортного пирсов, 4 погрузочно-разгрузочных районов. Общая территория составляет 106,5 га. Но и в последующие годы продолжается развитие порта. Строятся пирсы, причалы, специальные оборудования для погрузки товара на территории морского порта.
За небольшой промежуток времени Новороссийский порт из поставщика зерна превращается в мощный транспортный узел.