Наиболее древние поселения, найденные в черте современного города, датируются 6- 5 тысячелетием до н.э., т.е. эпохой среднекаменного века – мезолита. Расположены эти поселения были около современного аэропорта Пески, от которого и получили свое археологическое название (Пески-V, Пески-VI). Жители этих мезолитических поселений жили группами по 6-7 человек в прямоугольных или округлых полуземлянках каркасно- столбовой конструкции площадью приблизительно 20 квадратных метров.
В эпоху неолита значительно увеличилось количество поселений на берегах Петрозаводской губы Онежского озера. Поселения периода неолита (4-2 тысячелетие до н.э.) были найдены в районах Соломенное, Бараний Берег, Зимник и Центр, а также в районе устья р. Неглинки и нынешней набережной Варкауса. Чуть позже образовались послеления Соломенное-ХII (приблизительно в 2000 году до н.э.) и Соломенное-XI, ПКиО-I иПКиО-III (около1000 года до н.э).