Советско-финская война началась с бомбардировки советской авиацией финских войск 22 июня 1941 г. в ответ на их введение в демилитаризованную зону. Уже 21—25 июня портив СССР с территории Финляндии выступили военно-воздушные и военно-морские силы Германии. 25 июня после советского удара по 18 финским аэродромам и паре населённых пунктов Финляндия заявила о переходе в состояние войны с СССР.
К концу 1941 г. финны оккупировали большую часть Карелии, включая столицу Петрозаводск, а затем перешли к блокаде Ленинграда.
1 октября 1941 г. Петрозаводск был оккупирован. Финское правление просуществовало здесь почти 3 года, а сам город был переименован на финский манер в Aanislinna («Онежскую крепость»). На этот момент население Петрозаводска составляло около 5 тыс. чел. Более 14 тысяч жителей ближайших районов оказались в концентрационных лагерях для мирного населения, которые находились в черте города. За три года число заключенных сократилось вдвое.
21 июня 1941 г. началась Свирско-петрозаводская наступательная операция советских войск. 28 июня советские солдаты вошли в Петрозаводск.
Летом 1944 г. после ряда поражений союзной Германии и советского наступления Финляндией было предложено прекращение огня, вступившее в действие 4—5 сентября 1944 г.