Завод основан в Рубцовске в 1941. Произошло это во время эвакуации вагоностроительного завода из Днепродзержинска. С 1945 «Алтайвагон» перешёл на ремонт и производство товарных вагонов, а также 20-тонных платформ.
Первоначально «Алтайвагон» занимался производством крытых магистральных четырехосных грузовых вагонов. А с 1992 завод перешел на выпуск полувагонов. Дальнейшая модернизация вагоностроительного производства привела к изготовлению на заводе вагонов, предназначенных для перевозки автомобилей, выпуск которых начался в 1994. За 13 лет «Алтайвагон» выпустил 1000 вагонов такого вида.
Сейчас предприятие занимается изготовлением вагонов-цистерн и нескольких модификаций вагонов, имеющих специальное назначение. Помимо этого производства, «Алтайвагон» занимается изготовлением колесных пар, осуществляет ремонт в депо, а также и капитальный ремонт железнодорожных вагонов. «Алтайвагон», в качестве дополнительных видов деятельности, производит стальное литье (мелкое, среднее и крупное) и занимается изготовлением современной корпусной мебели. Сейчас завод выпускает, порядка, 20 моделей вагонов, имеющих разную конструкцию и назначение.