Одна из версий появления города гласит, что его территория с селением основалась еще в 14 веке и относилас к Суздальскому-Нижегородскому княжеству. В летописях упомянута княжеская семья Шуйских. Именно их династия правила в городе долгое время (около 200 лет).
Родословная рода Шуйских начинает свое появление от суздальского князя Кирдяпы Василия. Ознаменовал себя тут Шуйский Василий Иванович, который правил с 1606 года по 1610 год. Это последний царь, который принадлежал роду Рюриковичей. В 1729 году на этой земле жила наследница Петра I Елизавета.
Рядом с городом есть поселок, в котором по легендам, пришедшим из прошлого, похоронена дочь царя Василия Шуйского Анна Шуйская. На близлежащих территориях города Шуя располагались когда-то территории с дворами, которые были владениями самих князей Шуйских, а также князя Пожарского Д.М.
Город в прошлых веках был славен и популярен. На его земли приезжали многие знатные особы того времени. Интересна история посещения селения Петром I, который приехал сюда специально для того, чтобы опуститься перед знаменитой иконой Смоленской Божией Матери. Икона имела чудотворную силу, поэтому так славилась и береглась жителями селения Шуи. Происходило это в 1722 году, когда Петр I шел в Персидский поход.
История пребывания Петра I заканчивается мольбой всего народа к нему. Он возжелал забрать святую чудотворную икону с собой в Санкт-Петербург, но мольбы о том, чтобы Петр I оставил ее на прежнем месте в Воскресенском Храме он принял.
Икона действительно творила в то время чудеса. После того, как она в 1654 году была написана мастером-иконописцем на Шуйской земле, прекратились болезни, излечивались больные. Петр I с помощью иконы тоже снял с себя недуг, который мучил его до прибытия в Шую.