С начала XIX века царской властью постепенно упраздняется фактическая автономия калмыков. Земли Ставропольского района оказались достаточно плодородными и интересными с сельскохозяйственной точки зрения, а потому Российские императоры даруют их своим придворным, которые перевозят сюда русских крепостных.
Опора калмыцкой автономии – Ставропольское калмыцкое войско, в 1806 году становится составной частью Донского казачества. Калмыцкий полк активно участвовал в Отечественной войне, внес большой вклад в захват Парижа. Несмотря на многочисленные военные заслуги, в 1815 году полк окончательно расформировали.
С середины XIX века начинается выселение калмыков из Ставрополя, в том числе – принудительное. В 1842 году, в связи с указом императора Николая, выселение становится массовым – большая часть коренного населения была перевезена в окрестности Оренбурга, а земли Ставропольского района получили богатые помещики и купцы.
В 1851 году было принято решение об образовании Самарской губернии, со Ставрополем в подчинении в качестве уездного центра. В это время население города сильно уменьшается и составляет немногим более 2200 человек, что почти в два с половиной раза меньше, чем аналогичный показатель 1777 года.