В нефтяном секторе работают четыре предприятия: нефтегазодобывающее управление «Уфанефть», два нефтеперерабатывающих завода (Уфимский и Ново-Уфимский) и производитель нефтепродуктов «Уфанефтехим».
Нефтегазодобывающее управление эксплуатирует месторождения нефти и газа, а также обеспечивает эффективную транспортировку энергоносителей.
Уфимский НПЗ строился в течение двух лет, с 1935 по 1937 гг., однако третья очередь была запущена лишь к концу 40-х годов XX в. Завод первым в СССР осуществил переработку высокосернистой нефти (1959 г.).
Завод перерабатывает как местное сырье (башкирская нефть составляет 40% от общего объема поступившей нефти), таи и поступающее из Западной Сибири (50%), оставшиеся 10% представлены газовым конденсатом. Среди продукции можно выделить бензин, дизтопливо, мазут и техническую серу.
Ново-Уфимский НПЗ (переименован в НУНПЗ-Novoil) был основан в 1938 г. специально для переработки нефтяных запасов Волго-Уральской нефтегазоносной области. Первая продукция была выпущена в 1951 г.
У завода более широкий ассортимент выпускаемой продукции по сравнению с Уфимским НПЗ: бензин, дизельное топливо, кокс, реактивное и печное топливо, мазут, различные виды масла, твердые углеводороды и продукты неорганической химии.