В средние века на территории современной Уфы находился один из крупнейших, по мнению арабского исследователя Ибн-Халдуна (XIV в.), городов Золотой Орды времен XIV–XVI вв. – Башкорт. Долгое время археологам не удавалось найти хоть какие-то территориальные следы средневекового Башкорта.
На сегодняшний день некоторые исследователи считают, что городище «Уфа-II», обнаруженное археологами в центральной части Уфы, представляет собой не что иное, как Башкорт. Культурный слой в местах изысканий на территории городища доходит до 4 м. Основание Башкорта датируется ранним средневековьем, точнее V в. н.э.
На территории городища были обнаружены части крепостной стены высотой 4-5 м и шириной до 10 м, следы оборонительного рва, части жилищ, остатки меде- и железоплавильной печей. Собрана обширная коллекция из орудий труда, керамических предметов и предметов вооружения, украшений, монет. Летом 2012 г. в ходе археологических раскопок ученые нашли части древней мостовой, сделанной из дерева, и гончарной мастерской.
Вопрос об исторической древности Уфы и ее возрасте в полторы тысячи лет остается сегодня открытым и дискуссионным. Противники прибавления городу тысячи лет говорят о невозможности изначального существования города у кочевого народа, коим исторически являются башкиры. Эти исследователи поднимают вопрос о причинах ухода, в таком случае, населения из города и начала ведения ими кочевого образа жизни.
Таким образом, чем глубже уходят в своих раскопках археологи, тем больше вопросов и неоднозначностей в истории возникновения Уфы возникает.