Конец семнадцатого века оказался для будущей столицы Бурятии сложным временем. В восьмидесятых годах активизировались монголы и племена монгольского происхождения, заселявшие Бурятию. На Удинский острог часто нападали, поэтому он все время укреплялся и модернизировался.
В 1688 году острог обзавелся потайным ходом, башней, караульной избой, артиллеристской батареей из пяти пушек, и дополнительными укреплениями – рвом, надолбами и двойным ограждением.
В 1989 году русское правительство подписало с Китаем договор о разделе Монголии. России досталась Бурятия, Прибайкалье и Забайкалье, а Китай получил остальную часть страны. Монголия как государство перестала существовать, и набеги на Удинский острог прекратились.
В 1996 году начинается разброд среди русских войск. Казацкими частями в Забайкалье управляет в то время жестокий и бесталанный воевода Афанасий Савелов, против которого ополчаются гарнизоны, состоящие при Удинском, Селенгинском и Ильинском острогах. Это восстание получило название «бунта заморских стрельцов». Оно было жестоко подавлено Иркутским воеводой.
К 1699 году в Удинске служат уже более 350 казаков с семьями, к острогу примыкают слободки и посад. Общее население составляет не менее тысячи человек.