В девятнадцатом веке Верхнеудинск окончательно превращается в развитый торгово- промышленный город Забайкалья и всей восточной Сибири.
В 1816 году город обновляется. Принят основной план застройки Верхнеудинска. В это время, к сожалению, было уничтожено большинство исторических памятников – в том числе, обветшалый Удинский острог, но построено множество новых сооружений – например, первый мост через Уду, каменная Троицкая церковь.
С 1827 года в Верхнеудинск начинают ссылать декабристов. Город до Октябрьской революции останется местом ссылки. К 1877 году в нем построят самую надежную в Забайкалье тюрьму на 400 заключенных.
В середине 1800-х развивается промышленность Верхнеудинска. Построен стекольный, мыловаренный, кожевенный заводы, работает бесчисленное множество небольших коммерческих фирм и ремесленников. В это время население города насчитывает почти 4000 жителей.
На всем протяжении XIX века город беспокоят стихийные бедствия – землетрясения и наводнения, а в 1878 году тут разбушевался невиданный пожар, уничтоживший три четверти городских построек. Но Верхнеудинск быстро восстанавливается и наращивает потенциал. К 1899 году через город провели железную дорогу – торговля получила новый толчок к развитию.