Кровавому разгрому подвергся Великий Новгород в 1570 году. Его учинили опричники под началом Ивана Грозного, Василия Грязного, Малюты Скуратова якобы с целью искоренения измены. Многих новгородских купцов и бояр пытали, а затем казнили. Число убитых доходит до пятнадцатитысячной отметки. Главная же цель палачей заключалась в грабеже богатого города и изъятии казны из Софийского собора. Эта история нашла продолжение в Москве, там казнили 116 новгородцев из богатой знати. В опричнину была включена торговая сторона города. Опричники начали делить добычу, обозначился раскол. Этого не потерпел московский князь и организовал опричный разгром.
В конечном итоге за разгром поплатились крестьяне Новгорода. Финансовые потери знать восполняла за счёт полного закрепощения крестьянства.
От былой мощи Новгорода не осталось и следа в XVII веке, когда город оккупировали шведы. Они полностью обескровили землю Новгородскую.
Своё торговое и экономическое значения Новгород теряет с возникновением Санкт-Петербурга в XVIII веке. Хотя центром льноводства город оставался по-прежнему. Парусная фабрика была крупнейшим предприятием города, снабжавшая Балтийскую флотилию парусиной. Центром Новгородской губернии Великий Новгород стал в 1727 году.