Основан музей был в мае 1865 года. Его родоначальником является Богословский Николай, секретарь статистического комитета, археолог, учёный, священник. В 1992 году музей-заповедник включили в список наследия ЮНЕСКО. А в 1998 году указ президента РФ отнёс музей к своду особо ценных объектов истории. Несколько филиалов имеет Новгородский музей, на его балансе находятся памятники монументальной живописи и архитектуры 11-17 веков.
В состав музея входят памятники-музеи, выставочные залы, экспозиции в Новгороде и других городах области Новгородской:
• в золотую кладовую включено ювелирное искусство 6-19 веков;
• экспозиция об истории Новгорода в древних времён до 17 века;
• резное древнерусское дерево;
• экспозиция о русских иконах 11-19 веков.
Новгородский музей-заповедник предлагает:
• в детском музейном центре проводят мастер-классы по некоторым народным промыслам;
• в музее «Витославлицы» и у стен Кремля проходят народные игры;
• тематические экскурсии по народной культуре, искусству и истории для посетителей разного возраста;
• фольклорно-этнографические программы;
• экскурсии по музею деревянного зодчества, действующим монастырям, музеям из фонда России и Новгорода, экспозициям, памятникам архитектуры, городу.