После распада СССР экономическая ситуация в России сильно изменилась. Крупные промышленные предприятия Воронежа очутились на грани банкротства. Чтобы преодолеть экономический кризис, большая их часть вошла в различные концерны и холдинги совместно с другими предприятиями.
В городском хозяйстве возникли большие трудности (скверное состояние дорог, нереальность эксплуатации электротранспорта и другие), которые к 2010 году уже практически одолены.
В 1990 году Министерством культуры и Госстроем РФ Воронеж внесен в список исторических городов. В 90-е годы огромное количество церквей были возвращено епархии; была начата или продолжена их реставрация. И по сегодняшний день возводится множество храмов. В 2003 году город был избран столицей празднества Дня славянской письменности и культуры, прошел первый Всероссийский фестиваль виолончелистов. А в 2008 году Воронежу присвоено звание «Город воинской славы».
В начале сентября 2011 года в городе открылся пятый в мире и первый на территории России Глобальный центр эксплуатации сетей компании Nokia Siemens Networks. В эти же дни Воронеж целых пять дней отмечает своё 425-летие. Власти присвоили юбилею статус торжества федерального масштаба, что, в свою очередь, привлекло немалые инвестиции из областного и федерального бюджетов, потраченные на благоустройство города.