После присоединения Ярославского княжества к Великому Московскому княжеству его переименуют в Ярославский уезд, который стал относиться к приказу Костромской четверти. Для управления городом и уездом назначаются наместник и воевода. Начинается период массовой застройки Ярославля каменными зданиями.
В 1501 году в Ярославле происходит сильный пожар, который сгубил большую часть города. Также погорели и такие историко-культурные памятники, как Успенский собор, который был почти полностью разрушен, и постройки относящиеся к Спасскому монастырю. После пожара Василий III, правивший в то время, издает указ: отстроить городской Успенский собор. Над ним работали столичные мастера. В последствие ярославского Успенский собор стал частью городского кремля. Хотя он и множество раз перестраивался, но, к сожалению, собор все-таки не сохранился к нашему времени. К 1516 году был отстроен и Спасо-Преображенский собор, который находился под особым покровительством московских князей, его ждала более благополучная судьба, так как он существует и до сих пор, являясь историко-культурным наследием Ярославля.
В Спасо-Преображенском соборе и поныне сохранились старинные фрески и древние стенописи. В нем были похоронены ярославские князья.