После окончания Смутного времени Ярославль вновь продолжает развиваться и процветать. В 1692 г. появляется гербовая печать города, этот факт значительно повысил статус Ярославля. В подчинение к Ярославскому воеводе переходят Ростов и Переславль. Позднее население стало выбирать бургомистров во главе с президентом, входящих в земскую избу, что повлекло за собой прекращение распространения власти воевод на горожан. На 1702 год Ярославль становится вторым после Москвы крупнейшим городом России.
Земская изба была преобразована в магистрат, который занимался благоустройством инфраструктуры Ярославля. Был проложен почтовый тракт Архангельск – Москва, проходящий через Ярославль, был построен Вышневолоцкий водный канал, соединивший Волгу с Петербургом. Канал стал еще одним выходом для российских купцов на Запад, и это негативно повлияло на экономику города, поскольку теперь центр торговли переместился из Ярославля в Санкт-Петербург. Но благодаря накоплениям, торговым связям и наличию нужных специалистов в Ярославле начали возникать государственные мануфактуры, такие как: оружейная, шляпная, кузнечная и суконная.
Произошедший пожар 1711 года разрушил промышленность Ярославля, начинавшую развиваться на вложения купцов. Во время пожара было уничтожено 700 лавок и 36 торговых рядов, так же сгорели 2 монастыря и около полутора тысяч жилых домов.