На протяжении длительного времени город Царевококшайск являлся военно-административным центром, который был расположен в марийском крае, в самой его глубине. На территории города был размещен военный гарнизон и уездная администрация. Основную массу военного гарнизона составляли русские стрельцы и служилые люди. Им очень часто приходилось «гасить» стихийные волнения, которые устраивало местное население. Среди бунтующих были крестьяне из Вятской стороны и Поволжья, основную их массу составляли такие народы как: татары, марийцы, чуваши и русские. В 1609 году, зимой, с боем, ими был захвачен город Царевококшайск. Чтобы усмирить повстанцев, сюда из Казани был доставлен отряд карателей, которые жестоким образом расправились с восставшими.
Население Царевококшайска активно участвовало в ополчении с Кузьмой Мининым и Дмитрием Пожарским. Также царевококшайцы были отправлены в калмыцкие степи, чтобы помочь усилить русское влияние на Дону. Существуют заметки, что царевококшайцы принимали участие в военных походах вместе с Петром I.
С образованием города Царёва на Кокшаге сюда потянулось русское население. Недалеко от самой крепости был основан посад, который заняли ремесленники и торговцы, они в основном прибывали из центральных районов государства Русь.
К середине XVII века все деревни, которые находились в окрестностях города Царёвококшайска, а сегодня состоят в черте города, были в собственности у царского окольничего – князя В. Г. Ромодановского. После его смерти, в конце XVII века, земли стали относиться к дворцовскому управлению, то есть принадлежали полностью государственной казне. Единственным нерусским населением, которое проживало на территории города, являлись служивые люди – тарханы. Об их проживании говорит расположенный на территории города микрорайон под названием «Тарханово».
Более 300 лет назад возник город Царевококшайск, несмотря на то, что он являлся городом-укреплением, но все равно был центром уезда. Уездом и самим городом в XVII веке руководил воевода, который назначался Разрядным приказом и подчинялся приказу Казанского двора. Воевода управлял вооруженными силами, собирал ясак с марийцев и выполнял юридические функции.
Во время царствования Петра I, Царёвококшайск стал относиться к Казанской губернии. В эту же губернию входила вся территория Поволжья. В 1775 году был издан указ, в котором говорилось, что в составе Казанской губернии остается только Среднее Поволжье, а город Царёвококшайск становится уездным центром вновь образованной Казанской губернии.