Произведенные археологические раскопки показали, что на территории города Йошкар-Олы 12 тысяч лет до нашей эры, в эпоху мезолита, проживали люди.
Вплоть до середины XVI века территория города и ее окрестности находились в составе Галицкой даруги, которая относилась к Казанскому ханству. Заселяли ее земли марийцы. Осенью 1552 года, царь Иван Грозный смог присоединить земли Казанского ханства к своим землям. Все население Казанского ханства приняло присягу на верность новому царю, но буквально же сразу отказалось от подчинения и воспротивилось платить ясак.
В 1553 году весной разразилось огромное восстание. Чтобы его подавить, Ивану Грозному пришлось использовать свои войска, которые находились на этих территориях и пользовались военно-ресурсными базами временно. С завидным постоянством восстания на этих территориях вспыхивали вновь и вновь, и чтобы закрепить свою власть, Иван Грозный решил построить на этих землях «города-крепости». Так в связи с этим решением и появился будущий город Йошкар-Ола.