В 1990 году Йошкар-Ола получила статус исторического города. На ее территории была выделена заповедная зона, которая стала охраняться государством.
Летом 1997 года в Государственной регистрационной палате Республики Марий Эл был зарегистрирован устав по образованию муниципального города Йошкар-Олы. Устав определил ее территориальные, правовые, финансовые и экономические основы в городском самоуправлении. Органы самоуправления и жители города могли сами осуществлять народовластие, закреплять полномочия, структуру и систему в органах самоуправления города.
В июле 2003 года Государственным Собранием Республики Марий Эл была утверждена целевая программа социально-экономического развития Йошкар-Олы на 2003-2008 годы. Программа получила название «Столица». Её основной целью было создать качественную городскую среду для деятельности хозяйственных субъектов и благоприятных условий для жизни населения. Программа стала новым толчком в развитии.
В 2006 году состоялось собрание депутатов городского округа «Город Йошкар-Ола», на котором приняли стратегию по социально-экономическому развитию муниципального образования „Город Йошкар-Ола до 2015 года“. Эта стратегия определила основные направления для последующего развития города.
В августе 2009 года в Йошкар-Оле прошли празднования по случаю 425-летия города.
В июле 2010 года Йошкар-Ола была вычеркнута из списка исторических городов.
Сегодня в городе полным ходом ведутся работы по реконструкции и восстановлению того небольшого количества церквей и зданий, которые смогли уцелеть за годы существования города. Идет новая застройка территории зданиями и домами, чтобы создать комфортные условия для йошкаролинцев.