Национальный музей был открыт в 1920 году. Музей расположен в двухэтажном здании, построенном еще в 1903 году. Большой промежуток времени в этом здании был расположен арестный дом. В 1960 году здание было подвержено реконструкции, в результате которой к нему было пристроено правое крыло и третий этаж. Основателем музея является выдающийся марийский краевед и ученый – Т. Е. Евсеев. Национальный музей является ведущим музеем республики. Фонд Национального музея насчитывает свыше 200 тыс. экспонатов. Главную ценность музея составляют этнографические и археологические коллекции, а также украшения, костюмы, предметы быта мари и других народов в XIX – XX веках, оружие и шедевры прикладного искусства. Также здесь представлены уникальные чучела птиц и животных края, которые были выполнены очень известным таксидермистом Я. П. Коксиным. В фонде редкой книги находятся старопечатные издания, относящиеся к XVIII – XIX векам.
Национальный музей занимается проведением научно-исследовательской работы, которая отражается в специфических формах фауны и флоры края, материалах истории и этнографии, материальной и духовной культуре марийского народа, финно-угорских народов и других национальных групп, населяющих Республику Марий Эл. Экспозиции и выставки музея периодически обновляются. По ним проводят тематические экскурсии, ориентированные на определенную категорию посетителей.