Жители Дербента в период распада Халифата в 869 году своим эмиром провозгласили Хашима ибн Сурака. Он в дальнейшем стал основателем династии Хашемидов. В 901 году, это время правления Мухаммеда I, хазары напали на Дербент, но были разбиты. Эмир Ахмад в 969 году построил цитадель, а затем укрепился в ней.
В Переднюю Азию в XI веке вторглись тюрки-сельджуки, создавшие державу из большей части Ирана, Сирии, Месопотамии. Первый сельджукский отряд с хаджибом Сау-Тегином вступил в Дербент в 1067 году. Через восемь лет город полностью переходит в подчинение к сельджукам.
Самостоятельное княжество в Дербенте снова образовалось в XII веке. Свободное существование продолжается недолго, так как город в 1239 году завоёвывают монголы. Теперь Дербент вошёл в состав Золотой Орды. Это обстоятельство приводит город в упадок.
Освободителем Дербентского прихода от Золотой Орды является Тамерлан. Он же передаёт город Ширван шаху Ибрагиму I. В 1541 году в междоусобных битвах Самурской долины пришлось поучаствовать и Дербенту.
Ареной ожесточённых войн между государством Сефевидов и Османской империей становится Дербент в XVI–XVII веках. А в 1606 году город входит в состав Персии при шахе Аббасе.