Монастырь был основан в 1850 г. в качестве общины сестер милосердия на средства, собранные жителями города. Под строительство монастыря была выделена городская территория на берегу Волги, где сейчас находится Жигулёвский пивоваренный завод.
У подножия холма были построены 8 монашеских келий и часовня. В 1852 г. в монастырской общине насчитывалось 38 подвижниц во главе с Марией Яковлевной Яновой, ставшей впоследствии игуменьей Маргаритой. Монахини занимались рукоделием, а пропитание получали за счет благотворительности.
Община быстро процветала, и в 1860 г. получила статус монастыря. Уже к началу XX в. Иверский монастырь превратился в небольшой городок со своими храмами: Сретенским (с 1896 г. Успенский), в честь Иверской иконы Божией Матери, а также колокольней, 10 женскими жилыми корпусами, 4 деревянными флигелями, 2 каретниками, 4 амбарами, конюшней, каменной баней, прачечной и погребами.
В 1925 г. по распоряжению советской власти монастырь закрылся, а большинство его построек было снесено.
В наше время комплекс Иверского женского монастыря передан РПЦ и является памятником архитектуры местного значения. Однако сегодня монастырь занимает лишь около 10 % от первоначальной своей территории.
К монастырю примыкает кладбище, где похоронены многие именитые горожане Самары.