Иоанно-Предтеченский монастырь основал в 1536 году в Вязьме Преподобный Герасим. Другие источники указывают на то, что Герасим Болдинский в 1542 году заручился грамотой и благословением митрополита Макария и разрешением Ивана IV на строительство обители.
Во имя Ивана Предтечи была поставлена первая деревянная церковь, это явилось основанием для монастыря. Второй по счету деревянный храм Вознесения Господня построили при игумене Симеоне, он являлся учеником Герасима.
Иван Грозный побывал в монастыре в 1566 году. А в 1598 году здесь останавливался Б. Годунов, следуя в Смоленск. В период Смуты храм неоднократно грабили польско-литовские отряды. При Михаиле Федоровиче начинают каменное строительство храма. Деревянную церковь сносят, на ее месте возводят каменную трехшатровую церковь Божией Матери Одигитрии. В XVII веке строят трапезную и надвратную каменную церковь Вознесения Господня.
В монастыре в XVIII веке организуют семинарию, она просуществовала с 1739 по 1744 годы. Затем ее переводят в Покровский Московский монастырь. На месте семинарии создают Духовное училище, которое просуществовало до 1918 года.
Во славу иконы Богоматери «Знамение» строят храм в 1750 году. В 1812 году был разграблен монастырь, восстанавливали его очень долго. В 1930 году при Советской власти Вознесенский собор закрыли, а в 1946 году разрушили Знаменскую церковь. На территории монастыря в девяностые годы вели реставрационные работы, результатом стало открытие храма Вознесения Господня. Освещение колоколов на звоннице произошло в 2003 году.