Начиная с шестнадцатого века, Суздаль полностью находится под влиянием возвысившейся Москвы. Монастыри суздальской земли приобретают значение мест, куда ссылали опальных знатных особ. Женский Покровский монастырь стал самым известным местом ссылки представительниц знатных родов, благодаря чему он получил значительные богатства.
Потеряв значение политическое, город все больше приобретает значение религиозное. В конце шестнадцатого столетия центр Суздальской епископии получает статус архиепископии. Получает развитие монастырское каменное строительство. Деревянные обители заменяют на каменные. Самыми первыми меняют деревянные постройки на каменные Покровский и Спасский монастыри. Кирпичную надстройку приобретает старинный Рождественский храм. Новый каменный храм появляется на территории Ризоположенского монастыря. Покровский монастырь стал частой остановкой на пути царя Иван IV Грозного.
Стены Суздальского кремля шестнадцатого века включали пятнадцать башен. За кремлевскими стенами располагались дворы богатых суздальцев – князей, бояр, настоятелей монастырей. Также в городской черте находились пороховой погреб и тюрьма. На воротах были оборудованы подъемными мостами и опускающимися решетками. К восточной части города примыкал посад, который был обнесен валом с бревенчатым тыном. Центром посада была торговая площадь.