Наступление XVII века, и вместе с ним Смутного времени не принесло положительных изменений в Юрьев-Польский. В 1609 году он был завоеван поляками и почти полностью сожжен. Чуть позже, Лжедмитрий II намеревался отдать город в кормление касимовскому князю, но местное население, которое возглавил Федор Красный, подняло восстание, не допустив позорного обращения с городом и его жителями. После всех перипетий, войн и сражений, город был сильно разорен, и восстановить былое величие стало непосильной задачей. Поэтому дальнейшая жизнь Юрьев-Польского, ничем не отличалась от любого другого уездного городка.
Но все же, к середине XVII века экономическая ситуация в Юрьев-Польском стала понемногу улучшаться., благодаря удачному расположению города на важном торговом пути – Большой Стромынской дороге. Шла активная торговля, развивались купеческие гильдии, росла промышленность, связанная с производством и покраской тканей. Квартировавшиеся в городе военные, в восточной его части, организовали прекрасный парк, который, к сожалению, до наших дней не сохранился.
В это время появляются и новые памятники христианской культуры – Знаменовская трапезная церковь. Надвратная церковь Иоанна Богослова, реконструирован Михайло-Архангельский монастырь, возведены двухэтажные покои архимандрита и пр.