Эти два строения особенно выделяются своей величественной красотой и изяществом среди всего монастырского комплекса. Храм на протяжении своей долгой истории пережил несколько разорений и последующих реконструкций. Первый каменный собор на этом месте был построен в 1560 году с помощью меценатских вложений князя И.М. Кубенского. Современное же здание было построено в конце XVIII века на пожертвования горожан. Окончательное его открытие и освящение состоялось в 1808 году, обряд был совершен владимирским епископом Ксенофонтом.
Архитектура храма Архангела Михаила содержит элементы и более ранних периодов – начала XVII века. В соборе покоится тело основателя монастыря, который умер еще в XVIII веке, здесь же похоронены многие его настоятели. Образ Михаила Архангела, святого хранителя этого собора, пройдя войну 1814-1816 года вместе с Владимирским полком, теперь также располагается в монастырских стенах. Помимо него, здесь находятся две древнейшие чудотворные иконы, к которым и поныне верующие совершают паломничества.
Недалеко от собора расположилась, упоминавшееся ранее, восьмигранное здание колокольни. Она украшена красивейшей каменной резьбой. Венчают ее три купола, на которых располагались девять старинных колоколов, каждый из которых имел свою самобытную историю. К сожалению, все они были уничтожены в советское время.